兔脑原虫病并没有什么特征性的临床症状，所以只能通过病理性剖检来做出相对应的诊断。该病毒可通过胎盘传播，所以若是怀孕的母兔感染该病，那么幼兔很可能同样患病。
患病的宠物兔会逐渐衰弱，体重减轻，出现尿毒症；严重者呈现神经症状，如惊厥、颤抖、斜颈、麻痹和昏迷。病兔常出现蛋白尿。病的末期出现下痢，后肢的被毛常被污染，引起局部湿疹，在 3～5天内死亡。
病变特征为肉芽肿性脑炎和肉芽肿性肾炎。脑上分布有不规则的肉芽肿病灶，病灶的中心区坏死，周围有淋巴细胞和浆细胞等的浸润。非化脓性脑炎，特别是脑损害相邻区域的非化脓性脑膜炎是本病的特征之一。在肾脏表现有很多散乱的针尖状白点，或在皮质表现有小的灰色凹陷区。
